在2002年之前，德國的金融行業監管工作由三個獨立的機構負責。隨著《金融服務和一體化法》的通過，BaFin於2002年5月成立。該法令和三個機構合併的目的是創建一個能夠覆蓋所有金融市場的綜合金融監管機構。合併後的機構分別是聯邦銀行監管辦公室，聯邦證券交易監管辦公室和聯邦保險監管辦公室。隨著《2003年銀行法》的通過，BaFin承擔了進一步的責任，其目的是增強對客戶的保護並提高德國金融體系的聲譽， 還擁有監測金融機構的信譽、並收集有關它們的詳細信息的額外權利。這一特殊責任是與德國央行共同承擔的。目前，由於歐洲中央銀行正在接管監督銀行業的責任，BaFin正處於一個過渡階段。